A diferença está no que origina o problema. No caso das alergias alimentares, existe um mecanismo imunológico, ou seja, o paciente desenvolve sensibilização a determinada proteína alimentar que envolve a produção de anticorpos (imunoglobulina E) ou células (linfócitos sensibilizados). Isso determina quadros que podem ser transitórios ou permanentes, como urticárias, edemas, dermatites, sintomas gastrintestinais (vômitos, diarreia, dor abdominal, sangramento nas fezes) e falta de ganho de peso. Mais raramente, podem ocorrer sintomas respiratórios (rinite, asma).
No caso das intolerâncias, não ocorre o envolvimento do sistema imunológico, mas depende de mecanismos metabólicos, como falta de enzimas que digiram o alimento. Por exemplo, deficiência da lactase que degrada os açúcares do leite, toxinas presentes no alimento e outros produtos que componham o alimento (por exemplo, a cafeína).
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